একবার O অ্যান্টিজেন পলিমার লিপিড A এর মূলের সাথে সংযুক্ত হয়ে গেলে, এটি পলিমারাইজেশন প্রতিক্রিয়া বন্ধ করবে। অর্থাৎ সংযোগ বিক্রিয়া পলিমারাইজেশন বিক্রিয়াকে শেষ করে দিতে পারে। লিপিড A এর মূল এবং বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের পুনরাবৃত্তি ইউনিট সহ লিপোপলিস্যাকারাইড উভয়ই কার্যকরভাবে বাইরের ঝিল্লিতে স্থানান্তরিত হতে পারে। অতএব, লাইপোপলিস্যাকারাইডের আণবিক আকার SDS-PAGE দ্বারা দেখা যায়, যা আউটপুট সিস্টেমের ফ্যাক্টরের পরিবর্তে বায়োসিন্থেসিস সিস্টেমের পার্থক্যের কারণে ঘটে।

বিভিন্ন ব্যাকটেরিয়ায় O অ্যান্টিজেনের সাইড চেইনের বন্টন ভিন্ন, যার কিছুতে প্রায় 20টি পুনরাবৃত্তি ইউনিট রয়েছে এবং যার মধ্যে প্রায় 100টি পুনরাবৃত্তি ইউনিট থাকতে পারে। SDS-PAGE ইলেক্ট্রোফোরসিসে, বিভিন্ন প্রজাতির ব্যাকটেরিয়ার বিভিন্ন অণুর রূপালী দাগের তীব্রতার পার্থক্য প্রতিফলিত হয়। বিভিন্ন ব্যাকটেরিয়াতে O অ্যান্টিজেনের সাইড চেইন দৈর্ঘ্যের বিভিন্ন বন্টনের কারণ হতে পারে যে O অ্যান্টিজেন পলিকনডেনসেশন বা সংযোগ বিক্রিয়ার প্রক্রিয়ায় একটি আকার নির্বাচন ফ্যাক্টর রয়েছে। Wzz (অর্থাৎ Rol বা Cld) হল একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রোটিন যা ব্যাকটেরিয়াতে পার্শ্ব চেইন দৈর্ঘ্যের বন্টন নিয়ন্ত্রণ করে যা Wzy নির্ভর পথের মাধ্যমে অ্যান্টিজেন সংশ্লেষিত করে, কিন্তু এর নির্দিষ্ট প্রক্রিয়া এখনও অস্পষ্ট।