Lipopolysaccharide নিরপেক্ষ সমাধান ঘরের তাপমাত্রায় কয়েক মাস ধরে সংরক্ষণ করা যেতে পারে এবং এর জৈবিক কার্যকলাপ উল্লেখযোগ্যভাবে পরিবর্তিত হয় না। যদি এটি 4 ℃ বা নিম্ন-তাপমাত্রার রেফ্রিজারেটরে সংরক্ষণ করা হয়, তবে এর জৈবিক কার্যকলাপ কয়েক বছর থেকে দশক পর্যন্ত অপরিবর্তিত থাকতে পারে। শুকনো লাইপোপলিস্যাকারাইড নিউট্রাল পাউডার ঘরের তাপমাত্রায় বা রেফ্রিজারেটরে কয়েক দশক বা তার বেশি সময় ধরে জৈবিক কার্যকলাপ না হারিয়ে সংরক্ষণ করা যেতে পারে।

যখন লাইপোপলিস্যাকারাইডকে ঘরের তাপমাত্রায় অ্যাসিডিক দ্রবণে স্থাপন করা হয়, তখন এর অণুগুলি আংশিক অবক্ষয়ের মধ্য দিয়ে যায়। এই পরিবর্তনের মধ্যে প্রধানত পলিস্যাকারাইড এবং লিপিড A-এর মধ্যে গ্লাইকোসিডিক বন্ডের বিভাজন এবং লিপিড A1-গ্লুকোসাইড বন্ডের ক্লিভেজ জড়িত। উত্তাপ এই প্রতিক্রিয়া প্রচার করতে পারে। একটি শক্তিশালী অ্যাসিড দ্রবণ গরম করার পরিস্থিতিতে লিপোপলিস্যাকারাইডকে সম্পূর্ণরূপে ধ্বংস করতে পারে।

ক্ষারীয় উপাদানগুলি লিপোপলিস্যাকারাইড অণুগুলির উপর বড় প্রভাব ফেলে, প্রধানত লিপিড A অণুর উপর। এই সময়ে, লিপিড এ কঙ্কালের 4-ফসফেট এস্টার বন্ড এবং 3 এবং 3 অবস্থানের ফ্যাটি অ্যাসিড এস্টার বন্ড ধ্বংস করা সহজ, যা অণু বিভক্ত হতে পারে। এই সময়ে, ক্ষয়প্রাপ্ত অণুগুলি তাদের সাধারণ এন্ডোটক্সিন কার্যকলাপ হারায়। Lipopolysaccharides শক্তিশালী ক্ষার অবস্থার অধীনে সম্পূর্ণরূপে ধ্বংস করা যেতে পারে.